PerlDATABASEは２つのファイルから成り立っています。インデックスファイルとデータファイルです。これはPerlDATABASEの通常のコマンドで入力（insert）した場合に両方のファイルが更新されます。
仮にデータデータファイルのみを書き換えた場合、データの整合性が取れない場合があります。私は作者ですが、変更した場合にどのような状態になるか解りません。やめた方が良いと思います。

データの形式が違いますので、互換性はありません。アプリケーションによっては、データコンバーターを作ります。

原理的には増えても大丈夫ですが、テストの結果、ＷＥＢでは４ＭＢくらいまでが限界かなと思います。

私はＭＡＣについて良く知らないのでたいしたことは言えませんが、ＭＡＣ用のＰＲＥＬがあれば動くと思います。ただ、ＭＡＣ用のＰＥＲＬがあるかどうかは知りません。だれか知っている人がいたら教えてください。